Eclipseを使っていると、コマンドを使わなくなるのですが
一括処理をする場合などは、コマンドの方が便利です。

毎度、イガジーです。

Eclipse でソースを「保存」すると自動的にコンパイルがおこわなれて
classファイルが生成されます。それに対応するコマンドが
javac source.javaです（source.javaの部分がソースファイル名）。
クラス内クラスを定義していると、１つのソース(.java)から複数のクラスファイルが
生成されます。

classファイルを jar にするコマンドは
jar -cvfe jarfile.jar startclass classfile.classです。
jarfile.jar が生成される jar ファイル名で
startclass は、main()を含んでいるクラスの名前、
classfile.class は、上記 javac で生成したクラスファイルです（複数指定のこともあります）。

linux(bash)の場合は

#! /bin/bash
for fj in $*
do
f=${fj%.java}
javac $fj
jar -cvfe $f.jar $f $f*.class
done

というスクリプトを書いておくと便利かもしれません。

f=${fj%.java} の%.javaの意味は、右側の”.java”を取り除いた左辺だけにする
という意味で、例えば、$fj が　”sample.java” の時
f=${fj%.java} とすると $f は”sample”になります。
$f*.class は、sample*.class となるので、クラス内クラス含めて jar に
束ねることができます。

※ Eclipseで jar を作る方法は、→Eclipseでjarを作るときにManifestファイルを絡めてみるを参照してください。